新生兒得腦積水的原因較多，如先天性疾病或出血、感染等因素所致。在臨床上，先天性腦積水並不多見，部分患兒通過產前檢查能夠發現腦室擴大或腦出血等先天性腦積水的情況，大部分新生兒腦積水是獲得性病變，最常見的是腦室內出血，一方面會促進腦脊液增多，另一方面可能會引起梗阻，形成梗阻性腦積水。部分腦積水是因為顱內感染引起，新生兒發生顱內感染、敗血症等疾病也不少見。

所以各種原因均會引起新生兒腦積水，有些是先天性因素，有些是後天性因素，甚至有些腫瘤也會引起新生兒腦積水。出現新生兒腦積水不要過於擔心，大部分新生兒腦積水治療效果較好。即使中重度、特重型的新生兒腦積水，經過積極治療，大部分後期均能夠正常生活，對生活質量的影響較小。