嬰兒腦積水通過積極治療通常不會有後遺症。嬰兒腦還處於發育過程當中，5週歲之前整個腦還會再發育，所以即使在手術治療干預之前腦積水較多、腦發育不良、皮層發育不良，一旦手術將顱壓降下之後，腦還會不斷髮育。

手術會有一些風險，但對於嬰兒腦積水的治療而言，比如腦室腹腔分流術是一個極其微創的手術，對腦的損傷較微弱。手術之後一旦發生併發症或出血、感染，可以通過各種方法治癒。既得益於嬰兒腦發育的良好代償能力，又得益於先進的顯微手術基礎。

所以總體而言，目前嬰兒腦積水的後遺症較少，預後功能較好，完全可以達到正常人的生活水平。