預防嬰兒腦積水最好的方法是在備孕期和懷孕早期補充葉酸，對於神經功能的發育較好，可以預防一些原發性的先天性腦積水。

獲得性腦積水沒有較好的預防方法，但一些腦室內出血、感染的患兒，通過產前檢查能夠判斷，可以通過醫學方法在胎兒期進行干預，避免腦積水持續進展。

一旦發生腦積水，尤其是剛出生的新生兒，一定要儘早地干預。28-29周的嬰兒可以進行手術干預。從臨床資料來看，這部分患兒干預之後，可以有較好的預後。