胎兒腦積水一部分與媽媽葉酸缺乏相關，一部分與胎兒染色體異常相關，或者是胎兒自身發育異常導致畸形。如果檢查發現染色體正常，在下次妊娠時需要做好準備工作，如大量補充葉酸。通過增加葉酸補充量，有時可以降低神經管畸形，包括腦積水的風險。如果胎兒出現腦積水要在孕中期引產，放棄胎兒。

如果有染色體異常，需要再檢查父母雙方的染色體，以除外父母雙方染色體異常。如果父母雙方確實有明顯的染色體異常，需要行三代試管嬰兒，並在著床前行染色體檢查，有利於下一胎的順利進展。