腦積水與腦萎縮不同，首先需要進行鑑別診斷。腦積水患者的腦組織本身沒有萎縮，只是腦室會擴大，屬於主動的過程；腦萎縮主要是因為腦組織本身的萎縮，從而導致腦室的被動擴張。

對於腦積水主要是通過手術的方式進行治療，在早期可能會進行藥物治療，比如常用的乙酰唑胺。但乙酰唑胺在長期的評估隨訪過程中效果並不理想，所以逐漸不被採用。現在對於腦積水的治療方式主要是腦室-腹腔分流術、腰大池腹腔分流術、神經內鏡治療、腦室心房分流術等。

對於腦萎縮而言，目前沒有絕對有效的治療方式。而出現腦萎縮或者是腦積水的原因有多種，所以首先需要治療原發疾病，並且在治療原發疾病的基礎上更有效地治療腦積水和腦萎縮。腦萎縮後期主要是採用藥物和高壓氧等康復手段來達到有效治療的目的。