腦積水的手術目前為止只有兩種方案，即腦室腹腔分流，其適合各種類型的腦積水和各年齡段；以及三腦室底或者中板造瘻。

在1歲以內的新生兒、嬰幼兒的腦積水病例中，造瘻的成功率在20%-30%，所以一般選擇1歲以內的小兒腦積水使用脾胃分流的方式，脾胃分流手術涉及到顱腔和腹腔，即把腦脊液從腦室經皮下隧道到腹腔。醫院做這種手術一般情況是40-50分鐘。如果造瘻，一般1歲以上的小孩才做造瘻手術，一般手術時間在1-1.5小時之間。