兒童梗阻性腦積水的預後比成人好。因為兒童的大腦還處在發育的階段，受到外力的壓迫會變薄，特別是腦皮層變薄，一旦解除了外在的壓力，腦皮層可以重新長出來。但要根據孩子不同的年齡階段，年齡越小再生能力越強，年齡越大再生能力越弱。所以兒童梗阻性腦積水的治療效果比較好，其長期的預後也比較好。對於梗阻性腦積水的孩子，建議及早進行手術治療。

在做手術的選擇上，要選擇確切有效的治療方法，可以做分流或造瘻。如果選擇的手術不確切，未起到引流作用，腦積水的壓力可能長期存在，腦部發育會受影響。所以要及時的把腦積水排出，使腦部壓力得到緩解。