腦海綿狀血管瘤發生存在遺傳因素，如果父母存在腦海綿狀血管瘤，子女出現海綿狀血管瘤概率比一般人高，但不屬於遺傳病。海綿狀血管瘤屬於腦血管畸形，腦血管畸形主要有四種，包括腦動靜脈畸形、腦海綿狀血管瘤、腦靜脈畸形、毛細血管擴張症。腦血管畸形病因為先天性，在胚胎髮育時可能已經形成畸形，患者出生時已經存在。腦動靜脈畸形、海綿狀血管瘤都屬於腦血管畸形，所以主要原因是先天性原因。

先天性原因不等於腦海綿狀血管瘤屬於遺傳疾病，屬於兩個概念。即不是父母存在腦海綿狀血管瘤，其子代一定會有腦海綿狀血管瘤。