多發腎臟囊腫還有結石需要住院治療，住院是最好的治療方法。多發腎臟囊腫伴有結石，需要進行評估，是先治療腎臟囊腫，還是先治療結石。需要根據囊腫的情況和結石的大小、位置等，來進行綜合的判斷。同時需要明確患者是多發腎臟囊腫還是多囊腎。

多囊腎屬於一種遺傳性的疾病，可以終身的進展，最終發展至腎衰竭尿毒症的階段，所以它需要進行終身的治療。而多發腎臟囊腫，則屬於一種後天性的疾病，可以進行腎臟穿刺引流減壓，也可以進行腹腔鏡的手術治療。但一般是多發腎臟囊腫壓迫到腎臟，或者體積大於4cm上才進行手術。而腎臟的結石如果小於6mm以下，則主要以排石治療為主。

如果超過6mm以上，則需要進行體外衝擊波碎石或者手術。但是多發腎臟囊腫或者多囊腎，都是體外衝擊波碎石的相對禁忌。所以最好是經過微創手術治療來清除結石，這時就需要了解腎臟結石的大小、位置。

這些都需要進行住院檢查、評估以後來制定最合理的治療方案。