臨床上將腎囊腫分為單純性腎囊腫和遺傳性腎囊腫以及獲得性腎囊腫，具體治療方式如下：

1、如果單純性腎囊腫體積不大，直徑小於5cm，可以暫時不用處理，定期進行觀察就行，不需要進行手術治療；

2、如果單純性腎囊腫直徑大於5cm或者產生壓迫症狀，壓迫正常腎，甚至壓迫周圍臟器，可以通過做手術進行腎囊腫去頂術得到治癒，但不能保證腎囊腫做完手術不復發，複發率偏高；

3、如果是遺傳性腎囊腫，通常表現為多囊腎或者多囊肝，目前屬於一種遺傳疾病，沒有太好的治療辦法，僅在腎囊腫體積比較大，然後壓迫周圍臟器時候，可以通過去頂減壓，暫時緩解病情發展，但通常無法進行治癒。

先天性腎囊腫鑑別診斷裡比較重要疾病是囊性腎瘤，對於小孩囊性腎瘤，建議積極手術治療，因為該疾病部分可以惡變，導致囊性腎母或者惡性囊性腎瘤，比較麻煩，治療後還需要進行規範化療或者其它相應治療。