腎囊腫有可能會影響腎臟的功能，常見於多發性腎囊腫或者多囊腎，這種情況下腎臟被多種囊腫包裹或者破壞，造成腎實質的損害或者有效腎單位的損害，就會造成腎功能損害，尤其是先天性多囊腎病變，最終不可抑制地導致腎實質破壞而發生腎功能衰竭。

後天性腎囊腫也稱為單純性腎囊腫，並不會對腎臟產生明顯的損害，進展非常緩慢，體積也不大，一般不會對腎臟實質產生壓迫和損壞。除非是體積逐漸增大已經造成腎實質損害，此時可能會出現腎功能異常，但是一般後天性腎囊腫都為單發單側病變，所以對側腎功能指標正常不會對腎臟的功能產生任何影響。腎囊腫需要進行CT檢查，CT可以很明確判斷囊腫的數目、大小及其對腎實質有無損害，進一步評估以後對腎功能的影響。