腎囊腫鈣化的治療方案需要根據腎囊腫大小而定。如果腎囊腫較小且腎功能正常，定期做泌尿系彩超或者泌尿系CT，觀察囊腫大小及腎功能情況即可，不需要進行特殊治療。

因為任何藥物不能使腎囊腫減小或者使鈣化消除，如果腎囊腫鈣化且腎囊腫大於4cm，如果不及時治療可能會惡變、出血、感染、破裂、壓迫引起腎盂積水或腎功能異常的發生，同時容易引起腰部酸脹不適，可以進行手術減壓的治療，從而減輕腎功能損害。