腎結石疼痛一般先開始於背部、腰部，再沿著輸尿管向下，可能到外陰、會陰部以及大腿內側。腎結石疼有時可以非常劇烈，但是也會因為腎結石類型不同或者卡壓部位不同而有所區別。

當結石較大，大結石通常會卡壓在腎盂或腎臟部位，並且引起尿瀦留、腎盂積水，表現為脹痛或者鈍痛；當結石較小，在腎盂或者輸尿管內可以自由移動時，則可能會刺激輸尿管，引起輸尿管痙攣，此時可表現為絞痛，而且疼痛也非常劇烈，還可能會伴隨著噁心、嘔吐、大汗淋漓等情況。