腎結石手術後遺症與手術方式有關，具體如下：

1、體外衝擊波碎石可在門診進行，即採用特製的機器發射一定的震波，將能量聚焦於腎結石內，通過震波使結石變為小結石，後遺症為局部血腫。若腎損傷較嚴重，可導致腎臟萎縮，因此臨床上體外衝擊波碎石不宜超過三次；

2、逆行輸尿管鏡又稱為輸尿管軟鏡，使用逆行輸尿管的鏡子通過尿道逆流而上，做完手術後會出現結石殘留，因為把大結石切碎成較多小結石，通過尿液沖刷和重力作用自身排出，可能會有殘留，也可能發生感染；

3、經皮腎鏡是在人體和腎臟結石之間建立人工通道，風險較大。因為腎臟血供較豐富，易引起出血，在碎石過程中易出現感染，且穿刺過程中可能損傷脾臟、肝臟，甚至直腸等臟器。