反流性食管炎與淺表性胃炎均屬於酸相關性疾病，對於兩種疾病用藥的首選為質子泵抑制劑，即給予抑酸治療，可選擇蘭索拉唑、雷貝拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑、艾普拉唑等藥物。對於反流性食管炎治療療程為4-8周，而對於淺表性胃炎需根據不同情況而論。

如果由於幽門螺桿菌感染引起胃部炎症，此時需進行根除幽門螺桿菌治療，治療療程為14天即2周，主要選擇四聯療法，即1種質子泵抑制劑加2種抗生素加1種鉍劑。質子泵抑制劑可選擇蘭索拉唑、雷貝拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑、艾普拉唑等藥物，抗生素可選擇阿莫西林、多西環素、呋喃唑酮中的兩種，而鉍劑可選擇膠體果膠鉍、枸櫞酸鉍鉀等藥物種的一種。在患者服藥期間大便或舌質可能呈黑色，此時可能與鉍劑相關，需與患者溝通清楚，避免造成患者心理負擔。