絕大部分的急性胃腸炎不需要通過手術治療，僅通過內科的保守治療，如補液糾正酸鹼平衡的紊亂、糾正電解質的紊亂，如果是細菌感染引起，則需使用抗生素等，多數病人可以得到較好的治療效果。但也有特殊的急性胃腸炎，如急性壞死性腸炎，因為嚴重的細菌感染，可以引起黏膜的壞死，嚴重的可以引起腸穿孔，發生急性腹膜炎，所以就需要通過外科手術來解決問題。

外科手術通常對病人的打擊巨大，因為在急性的病情過程中，容易發生感染性休克，所以醫生需要在糾正感染性休克的情況下做手術。手術將壞死的腸道切掉，再做吻合術，最後情況控制好以後，再做第二次回納手術。手術雖然少見，但一旦進行，都是創傷巨大的手術。