目前關於腦幹出血還沒有非常明確、大家公認的手術指徵。如果出血發生在延髓，患者在出血發生之後，常會在短時間內出現心跳、呼吸停止，這類患者很難耐受手術治療。

大部分患者，如果在腦幹出血之後，處於昏迷程度比較深的狀態，或者腦幹出血之後生命體徵保持穩定，為中度到重度的昏迷，提示出血量是相對比較大的中等量出血，甚至比較大量的出血，如果患者全身的情況能夠耐受手術，可以對腦幹出血部位進行穿刺抽吸血腫，及時解除血腫對腦幹的壓迫，部分神經功能可以獲得一定程度的恢復。如果腦幹的出血量很小，只有一定程度的神經功能障礙，並沒有出現昏迷等嚴重的情況，這些患者也完全可以進行保守治療，無需進行手術治療。

由此可見，腦幹出血的手術治療指徵，目前還沒有非常公認的標準，一般生命體徵上比較穩定、中等量到比較大量的腦幹出血，可以考慮嘗試手術治療。但是無論是手術治療還是保守治療，腦幹出血的患者總體預後仍然不太理想。