腦幹挫傷會遺留後遺症。因腦幹是人腦的中樞，一旦發生損傷，預後較差。腦幹挫傷後遺症主要與損傷程度、部位及患者自身狀況有關。腦幹輕度挫傷或非關鍵功能區挫傷，後遺症相對較輕，自身狀況不同，挫傷後恢復程度存在個體差異；腦幹挫傷程度較重可導致患者偏癱、語言功能障礙、意識障礙、智力低下，甚至僅能達到2-3歲小兒的智力，甚至出現長期臥床、持續昏迷、植物狀態。