包皮龜頭炎需要明確感染的病因後，選擇合適的藥物治療：

1、細菌性的包皮龜頭炎，也呈急性包皮龜頭炎。多有長期在陰莖皮膚周圍的細菌感染，以金葡菌多為常見。治療可選擇外用百多邦、匹得邦、美多信，或紅黴素軟膏，並且保持局部清潔乾燥。或使用高錳酸鉀溶液來進行清洗，治療需要1周；

2、真菌性的包皮龜頭炎，也稱黴菌性包皮龜頭炎，大多通過性接觸傳播而導致黴菌感染。可通過自身包皮垢、慢性刺激形成黴菌，並滋生而感染。感染後可出現龜頭癢、紅斑，並且出現小皰疹，可見乳白色分泌物等，伴有明顯的疼痛。建議使用碳酸氫鈉溶液進行清洗，清洗完後保持局部乾燥，外塗咪康唑軟膏2-3次，連續使用1周；

3、滴蟲感染也屬於性傳播疾病的一種，感染滴蟲以後，龜頭紅斑上有小水泡樣的改變，急性期可有滲出糜爛，並且可以形成表淺的潰瘍。治療使用甲硝唑溶液進行局部清洗，並且口服甲硝唑片0.25g，3次/日，連續口服1周。