首先龜頭炎可以掛皮膚科，在皮膚病學裡面把龜頭炎列為皮膚性傳播疾病中的一種。其次也可以掛泌尿外科，泌尿外科感染中，也包含龜頭炎症性疾病。再次如果當地醫院沒有專門的皮膚科或者泌尿外科，可以掛普通外科或者大外科進行就診，兩個科都可以針對病因及感染原因做出相應的治療。

通常龜頭炎都在泌尿外科進行就診，因泌尿外科醫生可以進行專門的查體，或者檢查等，明確病因後，給予相關的治療。部分皮膚科也收治龜頭炎的患者，因部分龜頭炎因為性接觸而傳播，故屬於皮膚性病的專業。如黴菌性龜頭炎或者滴蟲性的龜頭炎，有部分患者可能因為不潔的性接觸史，而導致滴蟲感染或者陰道內的真菌感染致龜頭，產生真菌性的龜頭炎。