龜頭炎如果通過分泌物培養，確定是細菌感染引起的，可以使用紅黴素軟膏，或百多邦、匹得邦、美多信治療，在塗抹藥膏前使用高錳酸鉀溶液進行清洗，效果更明顯。

瘙癢症狀比較明顯的龜頭炎，是念珠菌感染引起的，需要使用克黴唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏、特比萘芬乳膏等，外用的抗真菌藥物進行治療，使用碳酸氫鈉溶液清洗是起到對抗的作用，真菌喜歡在酸性的環境下生長，碳酸氫鈉是鹼性溶液。

龜頭炎以局部用藥治療為主，嚴重時可以口服藥物，細菌性龜頭炎口服鹽酸左氧氟沙星片，念珠菌性龜頭炎可以口服氟康唑膠囊。龜頭炎需要勤換內衣，保持外陰局部清潔、乾燥，清淡飲食，也能夠起到輔助的治療作用。