龜頭炎是真菌還是細菌性需要到醫院進一步檢查來明確，也可以通過體格檢查做出初步判斷，如果是細菌性龜頭炎，可以出現局部腫脹或者伴有局部滲出等改變，同時可見龜頭上存在紅斑，紅斑界限比較模糊不清楚，很早就可以出現局部糜爛，甚至滲血等症狀。

如果是真菌感染所致的龜頭炎，可以出現龜頭上境界清楚的紅斑，紅斑表面可有小丘疹或者小皰疹樣改變，同時可伴有較多的白色分泌物，表現為白色乳酪樣的分泌物，分佈在龜頭內板或者龜頭冠狀溝的位置。通過這些表現可以作出初步判斷，當然最準確的方法就是留取表面的分泌物做細菌培養和真菌培養，通過培養直接確診是細菌性龜頭炎還是真菌性龜頭炎。

一般龜頭炎都合併包皮過長或者包莖，真菌性龜頭炎常見於局部清潔度不夠或者糖尿病，長期服用免疫抑制劑者也比較容易患有真菌性龜頭炎。