念珠菌性龜頭炎一般比較難以治癒，需要進行規律有效的治療。念珠菌性龜頭炎屬於真菌性的龜頭炎，難治的原因：

第一、是一種條件致病菌，正常情況真菌不會感染，當人體存在有免疫下降，或者正常菌群被破壞，才會造成念珠菌或者真菌繁殖而導致感染，所以是一種條件致病菌。如人體存在口服免疫抑制劑或者伴有糖尿病，或者長期大量的口服抗菌素而導致正常菌群破壞，才會合併有真菌的感染，一旦感染，往往難以清除。

第二、真菌感染時用藥療程不足，會造成感染難以控制，有時使用抗真菌的藥物，短期內起效以後就停止相關的藥物，正規抗真菌感染需要至少兩週，即便症狀完全消失以後，仍要按療程治療，再複查真菌轉為陰性後才可停藥。如症狀緩解後停藥，可能真菌尚未完全根治，所以會造成龜頭炎，長期不愈。

第三、當合併有包皮過長或者包莖等，造成局部慢性缺氧，真菌繁殖，則可以造成真菌感染，長期不癒合。

所以進行抗真菌感染的同時，需要進行包皮環切手術來減少局部慢性缺氧和遮蓋，才能達到徹底治癒的效果。