龜頭炎需要針對病因來給予對症處理的措施，比如確診是細菌性的龜頭炎需要使用抗感染的藥物，常用的藥物包括紅黴素軟膏或者百多邦軟膏等藥物進行局部的外塗，同時需要保持局部的清潔，還需要使用高錳酸鉀溶液進行局部的浸泡清洗等。但如果檢查是真菌性的龜頭炎需要使用碳酸氫鈉溶液進行局部侵泡，清洗完畢以後需要使用外塗局部抗真菌的軟膏，常用的藥物比如咪康唑軟膏或者克黴唑軟膏等，使用以後可以抑制局部的真菌繁殖達到治療的效果。

但是當患有滴蟲性的龜頭炎建議使用甲硝唑溶液來進行局部清洗，清洗完畢後使用甲硝唑凝膠進行局部治療，也可以口服甲硝唑片來進行全身的治療，所有的龜頭炎在治療期間都需要禁忌性生活。