大部分情況下舌咽神經痛術後可能沒有任何後遺症，但手術畢竟有風險，患者可出現極少見的聲音嘶啞、面神經功能障礙、局部梗塞等後遺症，具體如下：

1、舌咽神經本身負責咽喉部感覺以及吞嚥功能，所以術後患者可能會出現一過性吞嚥障礙、聲音嘶啞；

2、舌咽神經再往上處可能引起同側面神經功能障礙及聽神經功能障礙，但發生幾率很低；

3、如果病變涉及腦血管因素，出現局部梗塞、缺血或出血的患者可能有較嚴重甚至災難性後果，但是發生幾率更低。

總體來說，舌咽神經痛患者手術治療後大部分情況下沒有特別嚴重的併發症。