舌咽神經痛發作，兩側疼痛情況較少見，超過90％以上的患者是單側發病，發作位置主要集中在舌根部，有時吞嚥東西或者喝水時會誘發劇烈疼痛。

少部分患者疼痛可牽涉到耳根部、下頜，包括扁桃體部位。如為雙側疼痛，多數是繼發性三叉神經痛，如腫瘤、炎症浸潤引起。建議患者做頭部核磁共振、局部軟組織的超聲等檢查明確診斷。