舌咽神經痛一旦出現，自愈的可能性只有10％-15％，多數患者疼痛的發作次數和頻率都會逐漸增加。

出現舌咽神經痛，首先應區別是原發的舌咽神經痛還是繼發的舌咽神經痛，可通過影像檢查和抽血化驗檢查明確診斷，原發性的舌咽神經痛存在自愈可能。如為繼發性舌咽神經痛，不可能自愈，需要把腫瘤、炎症或者感染等引起繼發性舌咽神經痛的原因祛除之後，患者才能好轉。