舌咽神經痛侷限於舌咽神經或者迷走神經分佈區域，呈發作性劇烈疼痛。主要病因是舌咽神經和迷走神經根部受血管壓迫或者局部與蛛網膜粘連。男性多發，35歲左右起病，疼痛區域為咽後壁、舌根、扁桃體、外耳道深部，可向耳朵、下頜部、牙齦方向放射，單側發作，雙側疼痛非常少見。

舌咽神經痛如刀割樣或者針刺樣，類似於觸電樣突然發作，程度非常劇烈，持續1分鐘，每天發作幾次到幾十次。經常在吞嚥東西、咳嗽時誘發，10%左右的患者可以出現迷走神經暈厥，發作時心動過緩、心律紊亂、低血壓、暈厥、抽搐、甚至心臟停跳。10%的舌咽神經痛患者可以合併三叉神經痛。普通頭部CT或者核磁檢查很難發現問題，要做後顱窩薄層掃描，如3D-TOF-MRA，特殊磁共振成像可以看到壓迫神經的血管。