舌咽神經痛主要就診神經外科，尤其是功能神經外科和疼痛科。舌咽神經痛是侷限於舌根、咽後壁、外耳道的發作性劇烈疼痛，主要病因是舌咽神經和迷走神經根部受血管壓迫、局部神經與蛛網膜粘連或者腫瘤壓迫。因此，舌咽神經痛首先應就診神經外科。

經過症狀分析、相關檢查確診為腫瘤壓迫，可在神經外科進行腫瘤切除手術，術後疼痛症狀會自然消失。如果沒有腫瘤壓迫，經過特殊磁共振掃描確定為血管壓迫，病史較長，疼痛劇烈，嚴重影響患者生活、工作，可在神經外科做舌咽神經和迷走神經減壓術。患者年齡較大或其它身體因素不適合減壓術，可以到疼痛科進行射頻毀損術，緩解症狀。