舌咽神經痛發病的概率相對三叉神經痛發病的概率小得多，其也分為原發性和繼發性，原發性的是找不到原因的舌咽神經痛。繼發性舌咽神經痛和三叉神經痛相同，主要是由於部分腫瘤、血管的壓迫或是莖突過長，多數是由於血管的壓迫，即在舌咽神經出腦幹的部位由血管壓迫所造成。還有部分蛛網膜的粘連、炎症也可能會引起舌咽神經痛。