舌咽神經痛主要的症狀是在舌咽神經分佈的區域引起的疼痛。多數病人就診時，主訴是舌根部疼痛，其次是耳朵內的疼痛，即耳蝸疼痛。疼痛分佈的區域主要包括舌根、咽部、扁桃體、下頜以及耳屏後方。疼痛的性質和三叉神經疼痛的特點類似，即刀割樣、針刺樣或是電擊樣疼痛，每次持續的時間是數秒鐘到數分鐘，且有間歇期，部分特殊的病人會引起暈厥，甚至出現心律失常的表現。