臨床建議舌咽神經痛早期用藥物治療，觀察1-2年後，若病情逐漸加重，則需手術治療，手術治療的方法分為舌咽神經切斷術和血管減壓術。舌咽神經切斷後會出現短期的聲音嘶啞、吞嚥嗆咳等較為嚴重的併發症，一般不建議採用；血管減壓術是尋找並分離壓迫舌咽神經的血管，在神經與血管間墊一個墊棉，使血管不再直接壓迫舌咽神經，併發症相對較少。