舌咽神經痛屬於微創手術，從耳後入路進入顱腔，釋放腦脊液，在小腦與腦幹之間找到舌咽神經，將壓迫舌咽神經的血管進行分離，並在神經與血管間墊一個墊棉。手術風險相對較小，手術較安全。但也應具體問題具體分析，如果手術醫生的技巧或解剖不熟練，術中過度牽拉舌咽神經，術後可能出現輕度的吞嚥嗆咳、聲音嘶啞，術後2-3個月至1年可以逐漸恢復。