舌咽神經痛不是不治之症，只要及時有效的治療，大多數患者可以達到臨床治癒。臨床上治療舌咽神經痛主要採用微血管減壓術，術後絕大多數患者疼痛可消失。部分患者無明確原因，且影像學檢查未見異常，相對來說治療的效果不如三叉神經痛和麵肌痙攣。