小兒顱內感染治療需要依據患者具體情況，如感染部位、感染的病原體特徵，選擇不同治療方案。病毒性腦炎病程多為自限性，治療過程中強調對症支持治療。例如急性期對於高熱患者給予降溫，抽搐發作需要抗驚厥治療，有顱高壓表現的患者需要降顱壓，同時給予一定補液支持治療，主要是以對症支持治療為主。

但特殊類型病毒，如單純皰疹病毒，還需要進行抗病毒治療。如為細菌性腦膜炎，需儘早進行抗生素治療，抗生素需要足劑量、足療程、規範使用。結核性腦膜炎一旦確診後，需要進行正規抗結核治療，且療程較長。