顱內感染的預後與患者具體狀況，如感染部位、感染病原體密切相關。病毒性腦炎大多數病程都存在自限性，但仍強調急性期給予對症支持治療。例如高熱患者需要給予降溫治療，抽搐發作患者需要抗驚厥治療，存在顱高壓表現的患者需要給予降顱壓治療。根據具體情況，部分患者需要進行補液對症支持治療。

如果是特殊類型病毒感染，例如單純皰疹病毒感染，還需要進行抗病毒治療。如為細菌性腦膜炎，強調儘早使用抗生素治療，抗生素的治療需要足劑量、足療程規範使用。結核性腦膜炎一旦確診，需要進行正規抗結核治療，治療療程較長。