顱內感染早期一般可出現發熱、頭痛、噁心、嘔吐等表現，如果感染僅累及腦膜，可出現頸項強直，查體有頸抵抗、克氏徵、布氏徵陽性。但如果病變除了侵犯腦膜，還侵犯腦實質，即為腦膜腦炎。此時除了頸項強直、克氏徵、布氏徵陽性外，還可以出現局灶性神經功能障礙，比如病灶對側出現肢體癱瘓、感覺障礙，甚至語言障礙、認知功能障礙、記憶障礙，嚴重病人還可以出現嗜睡、昏睡，甚至昏迷。

影像學檢查可以看到顱內存在局灶性感染病灶，如果不能明確病原菌存在，要進一步腰穿做腦脊液檢查，從腦脊液細胞分類確定是病毒感染還是細菌感染，並指導用藥。從細胞生化明確特殊菌，比如結核菌、隱球菌、單皰病毒，應根據病原學檢查指導用藥。