顱內感染多數可治好。如病毒性顱內感染，若給予足量足療程抗病毒藥物，腦脊液內的病原體被殺死後，疾病則治好。

細菌性、真菌性也可完全殺死，只是患者較關心的是此疾病治好後是否會留後遺症，此方面則完全有可能，部分患者可能顱內感染後腦組織損傷較嚴重，病原體殺死後，即治癒後，還會遺留反覆的癲癇發作或智能減退，如痴呆的表現，也可能遺留肢體癱瘓，此種情況並非未治癒，只要將腦內病原菌殺死，足量足療程治療結束，此疾病則治好。

但因腦組織損傷較厲害，或病程較久，可能會留後遺症。還有一種較特殊的顱內感染，即HIV感染，HIV長期感染後也可到腦組織內，但HIV本身是不可治癒的疾病，所以如果是HIV引起的顱內感染，治療效果可能不佳。