一部分顱底凹陷沒有症狀，無需治療。有症狀且進行性發展的病人一定要治療，且越早越好。治療手段根據顱底陷入的具體變化決斷。如齒狀突脫位需進行齒狀突復位固定術；如果顱底、枕大孔區骨陷入需進行枕大孔、後顱窩的減壓。

手術有一定的風險，但該病有治療方法，患者不要顧慮。顱底陷入沒有特效藥物，只有依靠手術干預才有可能治癒。