顱底凹陷一部分患者無症狀，則不嚴重。而有一類患者進展較慢，症狀較輕，治療效果也好，所以也不嚴重。但極少數病人確實嚴重，因其直接壓迫腦幹、延髓，延髓是呼吸生命中樞，所以嚴重的病人生活無法自理，需臥床，除四肢癱外，可出現呼吸費力、吞嚥功能不佳、咳嗽反射減弱等症狀，較易誤吸，所以會有生命危險，一定要重視。

若懷疑顱底陷入時，如出生後發現孩子脖子較短，和其他孩子有區別或頸部歪，肩膀一側高一側低，應及早到醫院診斷，該病越早干預越好。