顱底凹陷症是指顱底所有結構往顱內凹陷，尤其寰樞椎結構齒狀突往顱內凹陷，陷入枕骨大孔甚至陷入後顱窩層面，後顱窩容積變小。腦幹包括延髓、中腦、腦橋、延髓，小腦受壓，會產生相應症狀，顱神經受到牽拉，也會產生系列症狀。診斷標準是樞椎齒狀突，高於硬顎和枕骨大孔後緣連線以上，超過3mm，一般稱為顱底凹陷症。

顱底凹陷症會產生相應症狀，例如樞椎齒突會頂到延髓和脊髓，引起行走不穩、四肢乏力、手感覺分離，即溫度覺減退，手會經常被燙到，或舌咽、迷走、副神經和舌下神經症狀，即聲音嘶啞、飲水嗆咳、吞嚥困難等症狀。