下丘腦錯構瘤嚴格來說並不是一種真正的腫瘤，而是在下丘腦部位的結節狀的異位灰質。由於這種異位灰質常會引起患者出現比較典型的臨床症狀，而通過藥物治療效果又不理想，所以手術治療是比較理想的方法。在手術過程中，如果進行腫瘤全切，術後復發的風險很低或者說在很大程度上是不會復發。但是由於這個部位神經結構比較複雜，有時術中也難以明確辨認腫瘤的邊界，所以只能進行腫瘤的大部分切除，以最大限度的保留患者的神經功能，在這種情況下，腫瘤就有可能復發。但是總體來說，下丘腦錯構瘤基本上不太生長或者生長十分緩慢的腫瘤，所以完全的復發風險或者進展很快的風險比較低。在通過手術方法進行大部切除之後，患者的頑固性癲癇也更容易通過藥物控制，在隨訪過程中一般殘留的腫瘤是長期保持穩定，不會在短時間內迅速復發，或者出現相應症狀的進展。