頸動脈內膜剝脫手術是比較成熟、比較安全的手術方式，對於絕大部分患者是安全、可靠、風險較小的。在美國有經驗的醫生可將頸動脈內膜剝脫手術併發症控制在3%之內，包括顱神經損傷、局部出血、血腫、氣管移位、窒息等；還有由於內膜剝離引起的遠端腦栓塞或者由於阻斷引起的遠端腦出血；還包括手術引發的腦再灌注損傷。頸動脈狹窄合併其他心血管疾病、腦血管疾病或者代謝性疾病，圍手術期可產生一系列併發症，比如心肌梗死、腦梗塞、糖尿病等；還有圍手術期麻醉風險，比如氣管插管、麻醉藥物而產生的麻醉意外；圍手術期頸動脈內膜剝脫手術而引起的全身問題，包括對病人精神、情緒的影響，有些病人手術後過度興奮或者抑鬱。總而言之，術後併發症雖比較繁瑣、比較複雜，但發生率並不高。