治療重度萎縮性胃炎時，需瞭解萎縮性胃炎發生的原因。研究顯示，較多胃黏膜萎縮患者與合併幽門螺桿菌感染相關，此類患者發現萎縮性胃炎後，需進行抗Hp(幽門螺桿菌)治療。

部分既往沒有幽門螺桿菌感染史的患者，罹患萎縮性胃炎，可以定期進行胃鏡檢查，排除早期病變的可能。目前胃癌可以做到早期診斷、早期治療，通常可在內鏡下獲得根治。所以患者無需懼怕胃鏡檢查，發現問題後及時進行檢查，並進行對症和對因治療。