膽汁反流性胃炎的治癒時間因人而異，大部分患者經過6-8周的治療，病情即可得到較好的控制。但也有部分患者治療1-3年後，病情也沒有得到有效控制。膽汁反流說明幽門機能出現問題，胃和十二指腸的接口稱為幽門，是單向出口，故食物從胃中進入小腸後不可再返回到胃中。

而膽汁通過肝臟分泌到膽囊中儲存，當攝入食物需膽汁幫助消化時膽囊收縮，膽汁即可到小腸中幫助消化，正常膽汁不會進入胃。但是當幽門機能出現問題，膽汁即可從小腸，即十二指腸進入胃裡，稱為膽汁反流。而膽汁的化學成分較複雜，膽汁裡的膽鹽可使胃黏膜受到影響，黏膜保護能力下降而胃中有胃酸，可對胃黏膜造成傷害。