急性胃腸炎患者如果伴有發熱，大多數是感染性腹瀉，首先需進行抗感染治療。在抗感染基礎上，如果還有發熱情況出現，其次需退熱治療，一般如果體溫在38.5℃以下，沒有明顯頭痛、全身乏力症狀出現，對症治療即可，比如補液、多進食、多飲水，也可以物理降溫，比如溫水擦浴等。

如果體溫高於38.5℃，甚至達到39℃或者更高，或者體溫沒有達到38.5℃，有非常明顯的頭痛、全身乏力等症狀時，可以口服或者靜脈、肌注藥物退熱。口服藥物通常選用對乙酰氨基酚、布洛芬，對於口服有禁忌或者沒有辦法完成口服的部分人群，可以採取肌注方式，比如肌注雙氯芬酸、柴胡、複方氨基比林達到退熱目的，也可用塞肛製劑，比如雙氯芬酸栓劑可以起到退熱作用。