目前男性或女性患腎囊腫的病因相同，具體發病機制在性別上沒有明顯區別。腎囊腫是腎臟常見的良性疾病，根據其表現形式，常見的兩種類型是單純性腎囊腫和多囊腎，病因主要如下：

1、單純性腎囊腫：屬於後天性疾病，與遺傳無關。目前最主要原因可能是源於腎小管中遠曲小管和集合管的狹窄、血管閉塞、分泌不暢，導致局部憩室或擴張，而逐步形成囊腫。其它少見原因如相應活性物質分泌不足、周圍血管壓迫、血管畸形等，是女性患單純性腎囊腫的少見原因；

2、多囊腎：是先天性疾病，有遺傳傾向，包括常染色體顯性遺傳和常染色體隱性遺傳兩種類型。多囊腎在臨床上是逐步進展的疾病，早期一般沒有明顯症狀，隨著囊腫逐步增多、增大，可以出現腰痛症狀，合併感染時會出現發燒、尿血等不適症狀。