腎囊腫最主要的問題是判斷囊腫的良、惡性。多數囊腫為良性，但有少數囊腫有惡性的風險。影像學檢查腎囊腫時，有Bosniak分級，分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ級，級別越高，惡性的可能越大，所以首先通過CT、核磁影像學檢查，初步判斷囊腫的良、惡性。對於懷疑惡性的囊腫，需提高警惕。

多數的Ⅰ級良性囊腫患者，需定期複查，瞭解囊腫大小變化趨勢，通常囊腫表現為緩慢增大，若囊腫是每年1-2cm以上的速度快速進展，可能需要干預。少數的囊腫位置不佳，可引起腎盂壓迫、腎臟積水，需積極處理。對於多數的囊腫不需要特殊處理，但對於懷疑惡性或者有壓迫的囊腫，需提高警惕，及時干預。