右腎囊腫最佳治療方法，應根據囊腫大小及有無併發症決定。如果囊腫較小，直徑在4cm以下，並且患者沒有任何伴隨症狀，通常可先行隨訪、觀察，每年常規進行B超檢查，測量囊腫大小即可。但應具體情況具體分析，因為囊腫具有分級系統，即Bosniak分級，如果囊腫生長異常，如存在分層、分格或內含異物，存在囊性腎癌可能，需進行增強CT甚至提前進行腎部分切除術治療。

如果囊腫只是單純較大，直徑≥5cm，建議進行微創手術治療，通常服藥效果不佳。手術現在推薦做腹腔鏡囊腫微創手術，在後腰部打3個孔，進入後先將腎囊腫進行分離，再將囊腫突出腎臟外的部分剪掉。剪掉之後再檢查囊腫壁內是否光滑，若沒有破損且無異常情況，則30-60分鐘可結束手術，術後1-2天即可出院。