複雜性腎囊腫的治療取決於囊腫類型，大部分複雜性腎囊腫可以治癒。通常建議患者進行增強的CT掃描，可以清楚看到腎囊腫結構。在泌尿外科，對於腎囊腫有Bosniak分級的分級系統。簡單來說，腎囊腫是透明大水囊，通常沒有惡性度。

如果直徑＞5cm，則可以切除囊腫壁。如果為單純囊腫，其中有小鈣化或小增厚，也可以按照良性進行處理，因為惡變概率較低。如果是複雜囊腫，在Ⅲ級、Ⅳ級以上，如分房、分隔較多，分隔之內又有鈣化、增厚、不規則，或者直接在腎囊腫中看到實性腫物，即Bosniak分級中Ⅲ級、Ⅳ級的複雜性腎囊腫。

如果是Ⅲ級複雜性腎囊腫，可能有腫瘤，Ⅳ級可以看到明確的腫物，腎癌的可能性較高。因此，Ⅲ級、Ⅳ級均建議手術切除，做腎臟的部分切除，在切除過程中利用各種技巧，儘量避免囊腫破損或在即將破損之前先將囊液吸出，以減少腫瘤對周圍術野的汙染。